Altemplom
A kereszthajó alatt altemplom van. Középen kör alakú helyiségben dór oszlopok koszorújában oltár áll, a legbelső helyiség padozatában, a vörös márvány sírkő alatt az építtető Pyrker érsek urnába zárt szívét őrzik (a testét, végakaratának megfelelően, a lilienfeldi ciszterci apátság apáti mauzóleumába temették).
Körülötte, a kriptákban az elhunyt egri érsekek, püspökök és segédpüspökök nyugszanak. Itt találjuk a Líceum építtetőjének, Eszterházy Károly püspöknek a földi maradványait is. A külső szögletes helyiség főleg világi hívek temetkezési helyéül szolgál.