A szentély
A szentély 1904-ben történt megújítása Nagy Virgil (1859–1921) műegyetemi tanárhoz kötődik. A régi szürke márványoltárt különböző színű márványból készült felsőrésszel építették át, melynek két oldalán zenélő angyalpár látható. Mintájául a perugiai San Bernardino-templom Agostino di Duccio (1418–1481) által készített domborművei szolgáltak.
A főoltáron Casagrande fehér márvány térdeplő angyalai, két oldalán a két kerub (ezeket Huszár Adolf fejezte be), valamint a megújított domborművek: balra az Igazság mérleggel, jobbra a Hit fáklyával.
A két félkörívben színes üvegablakok vannak, a káptalan szimbólumaként megjelenő sas Roth Miksa alkotása, vele szemben Kovács Keve János napszimbóluma. A párkányon Gönczy Lajosnak Szent Pétert és Szent Pált ábrázoló, hatalmas méretű gipszszobra látható, a díszítőfestés Glaser János munkája.
A főoltárkép Olajbafőtt Szent János vértanúságát ábrázolja (ő volt az első, a várdombon álló székesegyház eredeti névadója). A bécsi Josef Danhauser (1805–1845) festette 1834-ben, és mielőtt Egerbe hozták, Bécsben kiállították. A legenda szerint Kr. u. 92-ben, Domitianus császár parancsára János apostolt a római Latin Kapu előtt egy forró olajos kádba merítették, amelyből sértetlenül került ki. Ezután a császár Jánost Patmosz szigetére száműzte, ahol megírta a Jelenések könyvét.
A csatlakozó félkörívben a Megváltó hatalmas és jóságos alakja felszálló füstfelhőn lebeg. Áldásosztó keze a felső képet összeköti az alsó földi jelenettel. Felirata: GLORIA IN EXCELSIS DEO, vagyis: „Dicsőség a magasságban Istennek!” Ez a kettőskép-rendszer velencei és olasz mesterek munkáját dicséri. A szószék, Szent János evangélista domborművével, márványból, aranyozott díszítőelemekkel készült 1910-ben, Damkó József munkája.
A 2019–2024 közötti rekonstrukció után a szentély középső részén kapott helyet az érseki trón, melyen Ternyák Csaba egri érsek címere és jelmondata olvasható: IPSI GLORIA IN SAECULA, vagyis: „Dicsőség neki mindörökké!” A felújítás során Baráz Tamás szobrászművész, Molnár Katalin tervei alapján, a szószékével megegyező márványból új szembemiséző oltárt és felolvasóállványt (ambó) készített.
