Kupolák
A bazilikába belépve, ha felpillantunk az első kupolába, Takács István mezőkövesdi festőművész alkotását szemlélhetjük. 1950-ben, a 20. század harmadik szentévében készült. A freskó azt üzeni, hogy az Egyház, a korábbi korokhoz hasonlóan, hű maradt Rómához, amelytől a kommunista államhatalom el akarta szakítani.
A kupola bejárat felőli oldalán az egri főszékesegyház homlokzata jelenik meg, ahonnan bal és jobb oldalon is egy-egy körmenet indul a szentély felőli oldalán látható római Szent Péter-bazilika irányába.
A kép közepén azt a jelenetet ábrázolták, amikor Szent Péter átveszi Jézustól a mennyország kulcsait. A bejárat felől nézve a képet, a bal oldali körmenetes csoport jelképes értelmű: a magyar történelem nagy alakjai, továbbá a magyar szentek és jeles egyházi személyek láthatók, klasszikus felismerhető ábrázolásban.
A kép jobb oldalán megjelenik Czapik Gyula egri érsek (1943–1956) – akinek az idején a freskó elkészült –, amint zarándoklatot vezet a Szent Péter-bazilikába. Közelében népviseletbe (pl. mezőkövesdibe) öltözött emberek, néhány neves egri püspök és érsek, alattuk pedig a következő felirat látható: „Uram hová mennénk? Az örök élet igéi nálad vannak!” (János 6,68).
A kép jobb oldalán megjelenik Czapik Gyula egri érsek (1943–1956) – akinek az idején a freskó elkészült –, amint zarándoklatot vezet a Szent Péter-bazilikába. Közelében népviseletbe (pl. mezőkövesdibe) öltözött emberek, néhány neves egri püspök és érsek, alattuk pedig a következő felirat látható: „Uram hová mennénk? Az örök élet igéi nálad vannak!” (János 6,68). A kék ruhás, kezében sapkát tartó fiatalember maga a festőművész, Takács István. A megjelenített személyek közül ki kell emelnünk Pyrker János pátriárka-érseket, a főszékesegyház építtetőjét, aki a templom makettjével látható.
A főszékesegyház nagykupolája is Takács István mezőkövesdi festőművész munkája. Témáját a templom és az Egri Főegyházmegye védőszentje, Szent János apostol művéből, a „Jelenések könyvéből” merítette.
A főoltár felé fordulva balra az első kép magát a fiatalon ábrázolt Szent Jánost jeleníti meg, ahogy egy sziklapadon ülve a Jelenések könyvét írja. Majd a hódoló égi jelenet következik, 24 vénember, illetve a szivárvány trónusa alatt a megölt, de föltámadt Bárány, Krisztus jelképe látható. Alatta a hét pecséttel lezárt könyv, melynek pecsétjeit egymás után nyitja föl a Bárány.
A jobb oldali első kép az előtörő „Apokaliptikus lovasok” csoportját ábrázolja, akik közül a fehér lovas Isten evangéliumát jelenti, amint a népek megtérítésére indul. Újabb hét tagból álló angyalcsoport jelképes cselekedetet hajt végre: az Isten haragját jelképező csészék tartalmát önti ki a bűnbe merült földre.
A bal oldali képcsoport az isteni igazságszolgáltatást mutatja be: az égből leszálló angyalok jelölik meg a választottak homlokát, majd pedig az Egyházat jelképező oltár alatt várakozó vértanúkat.
Szép ellentétként, alul a világ dolgainak véges és múlandó volta látható: a görög és a római birodalomból is csak romok maradtak meg, mindkettő összetört, mint a cserépedény.
A kupola fölött legfelül, díszes foglalatban 12 szentírási jelkép látható; középen, a bevilágító ablakokkal egy szinten, mintegy másfélszeres nagyításban a 12 apostol alakja tölti ki a szintén 12 ablakközt. Az ablakokat Kovács Keve üvegművész 2021-ben készült fénygrafikái díszítik. Legalul egy szalagszerű „végső vigasztalás”-idézet olvasható a Jelenések könyvéből: „…És az Isten majd letöröl szemükből minden könnyet és halál nem leszen többé, sem gyász, sem jajkiáltás” (Jelenések könyve 21,4).
A hajószakasz fölött Sándor Béla 1910-ben készült freskója látható. Távlatosan nyitott égbolton négy szeráf, a négy sarokban pedig Szent Gellért, Szent Imre, Szent László és Kapisztrán János alakja tűnik szembe. Az architektúra Korény József (1881–1957) egri festő munkája.
A szentély 12 m átmérőjű kupolaboltozatát Tardos-Krenner Viktor (1866–1927) készítette 1904-ben.
A temperával készült falkép azt a jelenetet ábrázolja, amint Szent István maga irányítja az egri várban alapított székesegyház építését; Katapán egri püspök mellett, középen pedig Mária dicsfényben jelenik meg. A boltcikkelyekbe Szent Ágoston, Szent Ambrus, Szent Jeromos és Nagy Szent Gergely egyházatyák alakja került.